Emplazada en la rivera derecha del rio homónimo, debe el nombre a la tribu de los Guañacos, primeros pobladores de la zona. Según el Fr. Gregorio Alvarez toponimicamente deriva del agua (Chilca), “ña” (pertenencia) “co” (agua) referido a las chilcas (arbusto sudamericano que posee propiedades medicinales), que abundan en la zona.

Por decreto Provincial N° 1567 del 21 de abril de 1988, se crea la Comision de Fomento integrada por los parajes Guañacos y Reñileo.