Según el Dr.: Gregorio Álvarez, en su libro “Neuquén,  geografía y toponimia”, dice que hay tres nombres que han circulado nombrando al actual Guañacos: Arín Leuvu, Rarín Leuvu y Guañacos, según anotaciones cartográficas antiguas.
Para este autor el análisis etimológico vendría de GUA O HUA, que es apócope de Huatro que es una planta llamada Chilca o Rari muy abundante en las orillas del Arroyo; ÑA, partícula aditiva muy usada entre las tribus para referirse a pertenencia y CO, que es agua. Por lo tanto el topónimo sería GUA-ÑA-CO.
Para terminar la palabra en plural, se debe a que la tribu que vivía antiguamente en el valle estaba compuesta por cinco hermanos, hijos de un cacique muy rico que tenía abundante hacienda en el cajón, Los Guañacos.
Cabe aclarar que el término no tiene nada que ver con los guanacos, (animales).

Esta tribu fue desintegrada durante la toma de posesión del Norte Neuquino por la Cuarta División al mando del Tte. Cnel. Uriburu en la expedición al mando del Tte. Gral. Julio Argentino Roca en el año 1879 que es el año en que se crea el Fortín Guañacos, por el Tete. Coronel de Ingenieros Francisco Host, por considerar el Lugar, un punto estratégico de vigilancia hacia puntos importantes de contrabando del sur, el norte, inclusive a Chile. Además de la ventaja de los pastizales que tenía el Valle para mantener caballos inclusive en el invierno. Lo construyó en la margen norte del río Rarín Leuvú (Guañacos), a 2500 metros de la junta del Río Neuquén con el Arroyo Guañacos.

Este fortín se convirtió en un obstáculo importante para el cuatrerismo entre Indios y Chilenos de las haciendas maloneadas en las pampas, por tal motivo había que destruirlo a como diera lugar.

Tal es así que el día 18 de enero de 1881, se presenta en el Fortín un comerciante de Antuco con su hijo, diciendo que en el camino había visto en actitud sospechosa a la indiada comandada por los caciques Queupo, Huaiquillan y Nahuelan.
El Alférez Eliseo Boher ordena (19 de enero), la salida de 17 hombres armados al mando del Tte. Sebastián Astrada, a realizar una recorrida, este no encontró nada anormal. Sin apuros descansa la caballada y decide regresar al fortín. Cuando llega al mismo el día 21 de enero al medio día, se encuentra con la destrucción total del fortín y todos sus ocupantes muertos.

Por un indio herido y capturado supieron que el 20 de enero a la madrugada el Cacique Queupo con 500 hombres habían asaltado el fortín, quien encontrándose en superioridad numérica y habiéndose quedado sin balas los defensores, fueron arrasados.

El resultado fue la destrucción total del Fortín (hombres, mujeres y niños); nunca mas se supo del comerciante que trajo la noticia.

Los muertos fueron: Alf. Eliseo Boher, Sargento 2° Sinforiano Pereira, Cabo 1° Eusebio Benítez, trompa Juan Carlos Maldonado y los soldados Juan Flores, Enrique Galeani, Pablo Ubierna, Manuel Gonzales, Cayetano Castro, Santos Franco, Pedro Lasarta, Mariano Méndez y Rosas ario Ramírez.
Quedó la tradición oral de estos hechos en los antiguos pobladores de Guañacos, Don Ignacio López, maestro de la escuela n° 20 de Guañacos (1921), tomó el testimonio de la propia boca de un sobreviviente de la masacre,  “el ex sargento Rojas”, que se había quedado a vivir en el Valle, repite el hecho ocurrido durante el ataque y afirma que se salvó porque el y dos soldados más venían de un reconocimiento de rutina por Los Miches, Costa de Lilao y Guañacos Superior. Se despertaron de su alojo escuchando gritos y tiroteos, refugiados en unas rocas observaron la destrucción total del Fortín, sin poder hacer nada en ayuda de sus compañeros. CUENTA DE HECHOS MACABROS DE ASESINATO DE NIÑOS Y MUJERES…

El Fortín Guañacos, fue considerado lugar Histórico por el Decreto N° 8729 del 15 de diciembre de 1943, firmado por el Presidente de la Nación Pedro Ramírez.

Aún hoy se observan un montón de piedras donde antes estuviera ubicado el Fortín.

Este incidente justificó una intensa persecución a todos los grupos indígenas de la región por parte del ejército obligando a los principales caciques a rendirse y los que no lo hacían fueron obligados a refugiarse en Chile o en miserables reservas.
Desde el año 1894 funciona en las ruinas del fortín un Juez de Paz y sus ayudantes, además de un comisario  llamado José Taborda Días, quien es denunciado por habitantes de Guañacos que se habían asentado en el lugar por las excelentes pasturas, por malos tratos y cobros desmedidos de impuestos ante el Gobernador en Chos Malal, este es removido de su cargo.

En el año 1893 se observa el auge del oro en Andacollo, Huaraco y Huinganco, produciéndose un despoblamiento de los lugares aledaños hacia esas Localidades, quedando Guañacos sin Juez de Paz ni Policía. Los pobladores que quedaron, todos dedicados a la actividad agro ganadera, se expusieron al cuatrerismo y bandolerismo de grupos Chilenos.
Los productos que se obtenían eran comercializados en Chile mediante un transito de libre comercio. Esto termina en la década del treinta que es cuando se asienta gendarmería en pasos estratégicos de frontera.

Un antiguo poblador de la Localidad expresó con dolor, en forma gráfica y sencilla durante una reunión con los jefes militares de Frontera lo siguiente “…los que antes y de toda la vida comerciábamos con Chile, con el cierre de las fronteras y la llegada de gendarmería nos tuvimos que convertir en contrabandistas para subsistir…”.
En el “Álbum Guía de Rio Negro y Neuquén” figuran los nombres de algunos pioneros de Guañacos, en homenaje a ellos es meritorio nombrarlos: Magnasco Jorge Severo, Herrera Bonifacio, Jara Segundo, Hernández Basilio, Palacios Pedro, Cañete Agustín, Arteaga Rosario, Valenzuela Froilán.

Un hecho destacable de la historia de Guañacos y no muy lejano fue el desalojo sufrido por los pobladores, durante el invierno del año 1968. Este desalojo fue llevado a cabo por un integrante de la familia Plantey con ayuda del juez de paz de Andacollo Rolando Figueroa, argumentando que había comprado los derechos de estas tierras al Contralmirante Martín Guerrico y a sucesores de J. E. Escurra (quienes nunca se hicieron presente en la zona).fueron desalojados todos los pobladores del lugar e inundados sus ranchos de adobe.
La mayoría de la gente totalmente desamparada tiene que malvender sus animales y emigrar a lugares como Allen, Neuquén, Cinco Saltos y Cutral-Có.

Luego de un sin número de trámites, y mediante una decisión política del entonces Gobernador Don Felipe Sapag, el estanciero fue expropiado e indemnizado, devolviendo las tierras a los antiguos pobladores en el año 1971.
Vuelven los pobladores al valle y en el año 1974 se crea la Asociación de Fomento Rural que existe hasta hoy.
El 14 de abril de 1887, se crea la Comisión de Fomento Guañacos, siendo su primer presidente Don Rodolfo Herrera, (1987-1991), siguiendo don Azarías Herrera, (1992-1995), prosigue Villanueva Luis Alberto (1996-2000), del 2000 en adelante y hasta la fecha quien esta en la gestión de Gobierno es Juan Carlos Vázquez.
Estos datos fueron tomados del folleto “Fortín Guañacos, patrimonio histórico y cultural del Neuquén” de Isidro Belver.